در کشاورزی ارگانیک آب توسط مواد شیمیایی آلاینده مانند کودهای مصنوعی، آلوده نمی گردد.
•تعادل اکوسیستم و حاصلخیزی خاک حفظ شده و فرسایش خاک نیز تا 50 درصد کاهش می یابد. چرا که در کشاورزی ارگانیک از روشهایی چون کمترین میزان شخم زدن، کودهای بیولوژیکی، تناوب کشت مناسب، پوشش گیاهی و غیره استفاده می شود. با این روش خاک بعنوان یک اکوسیستم کامل و سالم به راحتی می تواند خود را احیا نموده و به رشد محصولات کمک کند.
•تنوع زیستی در زمینهای زراعی ارگانیک به علت عدم استفاده از سموم آفت کش و علف کش، 57 درصد بیشتر است.
•کشاورزان در معرض سموم و آلاینده های کمتری قرار می گیرند.
•تحقیقات 76 محقق کشورهای مختلف نشان داده که کشاورزی ارگانیک باعث بهبود چرخه غذایی از باکتریها تا پستانداران می گردد. زیرا کشاورزی ارگانیک با حیات وحش بصورت دوستانه برخورد می کند و از مواد شیمیایی و سموم استفاده نمی کند.
•در این نوع کشاورزی با استفاده از عملکردهای اکولوژیکی طبیعی می توان تولید را افزایش داده و خاک و محصولات را در برابر آفات و بیماریها مقاوم نمود.
•با استفاده از روشهای متعدد حفظ رطوبت خاک، در کشاورزی ارگانیک از آب کمتری استفاده می شود.
• با بهبود جانوران مفید خاک و تخمیر مواد آلی، بافت خاک بهبود یافته و باروری خاک افزایش می یابد، و میزان مواد مغذی بیشتری به خاک داده می شود. به همین دلیل فرسایش خاک کم شده و تنوع زیستی خاک افزایش می یابد.
•از آلودگی های ناشی به هنگام تولید کودهای شیمیایی از مواد نفتی جلوگیری می شود.
• بطور کلی می توان گفت که کشاورزی ارگانیک با اکولوژی هماهنگ است و باعث تثبیت بافت خاک، حفظ چرخه آب، چرخه کربن، چرخه مواد غذایی و آلودگی کمتر زمین می شود
